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植物生物技术学科是作物学一级学科博士点在“十五”期间，根据教育部文件精神，同意自设的二级博士点学科。
   该学科在植物重要性状基因的克隆与功能分析、植物重要性状基因的开发与利用、生物信息学和统计基因组学、植物细胞工程和染色体工程等方面形成了4个特色鲜明的研究方向，在与作物丰产性、稳产性（主要在抗病性上）和品质相关的多个性状的资源筛选、遗传分析、基因定位和克隆，以及重要功能基因的开发利用方面取得了长足的发展。2006年被评为扬州大学一类重点学科（省级重点学科培育点）。
   在师资方面，该学科现有专职教师和研究人员21人，其中，50岁以下的中青年13人，已经获得博士学位或正在职攻读博士学位（在职）的青年教师16人。学科带头人潘学彪教授在水稻功能基因组学和抗纹枯病研究领域，以及分子育种研究方面，有较高的学术造诣和知名度。
   在科研方面，每个研究方向均有一个4-5人组成的团队，由1名正教授担任学术带头人。每个方向均有多项国家级和部省级项目支撑其发展，科学研究已经取得了长足的进展。发表了高质量的学术论文155篇，其中25篇被SCI收录，获部省级科技进步奖3项，育成水稻新品种7个，大麦新品种4个，玉米新品种2个，申请或获得发明专利各1个。目前承担国家及省部级课题28项，2002-2006年科研总经费达到1055万元，平均每年211万元。
   在人才培养方面，2002-2006年期间，本学科已招收博硕士研究生48人，毕业并授予学位的博硕士研究生15人。已有1篇博士论文获江苏省优秀博士论文。