作物学一级学科博士学位授权点（2000年获批），紧紧围绕国家粮食安全重大战略需求，以稻麦等主要粮食作物品种改良和高产优质高效生产为中心，基础理论研究与应用研究紧密结合，打造优势，突出特色，形成了作物优异基因资源挖掘、现代作物品种设计理论与选育、作物栽培耕作新技术及理论、作物高产优质抗逆机理及调控技术、环境变化与作物生产可持续发展等5个主要学科研究方向。这些方向既符合作物科学发展大趋势，又具有自身的特色和优势，行业贡献率高，国内外影响大。作物学学科连续多年位居上海软科学科排名全国第四。
本学位点建有教育部、农业农村部及江苏省重点实验室5个，农业农村部及江苏省工程中心4个，主要包括：植物功能基因组学教育部重点实验室、江苏省作物遗传生理国家级重点实验室培育建设点（扬州大学）、生物育种钟山实验室（扬州大学）、农业农村部盐碱土改良与利用（滨海盐碱地）重点实验室、农业农村部长江中下游作物生理生态与栽培重点开放实验室以及农业农村部长江流域稻作技术创新中心、江苏省优质粳稻产业工程研究中心、农业农村部弱筋小麦良种繁育与检测中心、江苏省粮食作物现代产业技术协同创新中心等省部级科研创新平台。另建有校内研究所（室）12个。
学位点承担包括国家重点研发计划、国家自然科学基金等在内的各级各类项目（课题）391项，其中国家级项目126项，在研项目总经费3.067亿元。与国际水稻研究所、中国科学院、中国农业科学院等国内外知名科研单位以及美国、加拿大、日本、澳大利亚、德国、荷兰、香港等国家和地区的有关高校建立了广泛而又密切的学术交流、人才培养与科研协作关系。
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